ความผิดปกติของทางเดินอาหารแบบเรื้อรังมีความแตกต่างจากแบบเฉียบพลันที่กล่าวถึงไปก่อนหน้านี้

ความผิดปกติของทางเดินอาหารแบบเรื้อรังจะแสดงอาการอย่างช้า ๆ และมีแนวโน้มที่จะคงอยู่เป็นเวลานาน ซึ่งอาการท้องเสียและน้ำหนักลดจะเป็นอาการที่พบได้บ่อย โดยเกิดได้จากหลายสาเหตุเช่นเดียวกัน ยกตัวอย่างเช่น อาการไม่พึงประสงค์จากอาหาร การตอบสนองจากภูมิคุ้มกัน และพันธุกรรม

ลำไส้ใหญ่เป็นส่วนของลำไส้ส่วนท้าย เมื่อเกิดการอักเสบแมวส่วนใหญ่จะมีลักษณะอาการเฉพาะที่ใกล้เคียงกัน คือ ต้องการขับถ่ายทันทีทันใด มีอาการเบ่งถ่ายอุจจาระแต่อุจจาระออกมาในปริมาณน้อย สัญญาณที่โดดเด่นอีกอย่างของโรคลำไส้ใหญ่อักเสบ คือการมีเลือดสดหรือมูกปนในอุจจาระ

เช่นเดียวกับในมนุษย์ เมื่อแมวท้องผูก จะขับถ่ายอุจจาระได้ยากและเข้าห้องน้ำไม่บ่อยนัก ท้องผูกเกิดได้จากหลายสาเหตุ เช่น การกินกระดูก ขนนก หรือขนสัตว์อาจทำให้อุจจาระแข็งและขับถ่ายได้ยาก การมีขนจำนวนมาก โดยเฉพาะในแมวขนยาวหรือ การเคลื่อนไหวของลำไส้ที่ช้า ก็จะมีอุจจาระที่แห้งและเคลื่อนตัวในลำไส้ได้ยาก แมวพันธุ์ไทยมีแนวโน้มที่จะมีลำไส้ที่เคลื่อนไหวช้ากว่าพันธุ์อื่นๆ ซึ่งอาจส่งผลให้เกิดภาวะลำไส้ใหญ่โป่งพอง หรือที่เรียกว่า เมกาโคลอน (Megacolon)

ตับอ่อนอักเสบ เป็นภาวะที่ซับซ้อนในแมวและวินิจฉัยได้ยาก เนื่องจากมีอาการที่ไม่ชัดเจน เช่น อาเจียน อ่อนเพลีย และเบื่ออาหาร ซึ่งเป็นอาการที่แมวจะเป็นๆ หายๆ และมักจะมีปัญหาอื่นๆ ร่วมด้วย เช่น อาการไม่พึงประสงค์จากอาหาร และโรคลำไส้อักเสบแบบเรื้อรัง

แมวอาจสามารถตอบสนองต่ออาหารบางชนิดได้ไม่ดีด้วยเหตุผลหลายประการ และเราเรียกอาการเหล่านี้ว่าอาการไม่พึงประสงค์จากอาหาร โดยปกติแล้วการแพ้อาหารจริงจะพบได้น้อยกว่าที่ทุกคนคิด โดยส่วนมากมีสาเหตุมาจากการแพ้โปรตีนในอาหาร เช่น ไก่ ปลา และนม การแพ้อาหารอาจทำให้อาเจียนและท้องเสีย รวมถึงปัญหาผิวหนัง เช่น อาการคันหรือเลียขนตัวเองมากเกินไป